Institutul de Ecologie şi Geografie al Academiei de Ştiinţe a Moldovei a fost înfiinţat în conformitate cu Hotărârea Guvernului Republicii Moldova „Cu privire la măsurile de optimizare a infrastructurii sferei ştiinţei şi inovării” nr. 1326 din 14 decembrie 2005 prin contopirea Institutului Naţional de Ecologie al Ministerului Ecologiei şi Resurselor Naturale şi Institutului de Geografie al A.Ş.M. şi se află în subordonare dublă.
În cadrul Institutului funcţionează laboratoarele: Calitatea Mediului; Ecobioindicaţie şi Radioecologie; Standarde şi Normative de Mediu; Ecologia Aşezărilor umane; Biogeocenologie cu grupa de geoinformatică; Geomorfologie dinamică; Climatologie; Geografie si Evoluţie a Solurilor; Geografie Socioumană; Landsaftologie.

Obiectivele Institutului sunt:

• Elaborarea şi implementarea Sistemului Informaţional Geografic în cercetarea mediului înconjurător; editarea anuală (din 1993) a „Lucrărilor Simpozionului „Sisteme Informaţionale Geografice” (în colaborare cu Univ. ”Al. I. Cuza” din Iaşi, România).
• Elaborarea Programului Naţional Strategic de Acţiuni în domeniul Protecţiei Mediului Înconjurător pentru Republica Moldova (perioada 1995-2010-2020); Strategiei Naţionale şi planului de acţiuni în domeniul conservării diversităţii biologice; ediţiei a II-a a Cărţii Roşii; elaborarea şi editarea anuală a Raportului Naţional „Starea mediului în Republica Moldova” (INECO împreună cu alte instituţii).

Potenţialul ştiinţific al Institutului include 97 cercetători ştiinţifici, inclusiv 2 membri titulari ai AŞM, 1 membru corespondent, 3 doctori habilitaţi şi 37 doctori în ştiinţe.

Direcţii de cercetare:

• Dinamica şi evoluţia geo- şi ecosistemelor naturale şi antropizate în context  regional, local şi transfrontalier;
• Elaborarea Sistemului Geoinformaţional de mediu şi de resurse naturale;
• Monitoringul integrat de mediu şi reconstrucţia ecologică.

Obiectivele generale:

• Studiul dinamicii şi evidenţierea tendinţelor de modificare a componentelor geo şi ecosistemelor sub influenţa factorilor naturali şi antropici;
• Evaluarea factorilor ce condiţionează apariţia situaţiilor geoecologice nefavorabile;
• Optimizarea structurii geosistemelor  în scopul asigurării funcţionării stabile a lor;
• Elaborarea Sistemului Geoinformaţional de mediu şi de resurse naturale;
• Crearea bazei informaţionale pentru monitoringul integrat;
• Pregătirea cadrelor de înaltă calificare la specialităţile: ecologie, protecţia mediului ambiant şi folosirea raţională a resurselor naturale, meteorologie, climatologie şi agrometeorologie, radiobiologie, turism.